Portekiz nezdindeki ilk elçimiz, 1931 yılında Madrid’de mukim olan ve aynı zamanda Portekiz’e de akredite edilen ünlü şairimiz Yahya Kemal Beyatlı’dır. 1931-1941 yılları arasında ülkemiz Madrid’ten akredite edilen elçiler tarafından temsil edilmiştir. 1934 yılında Atatürk’ün imzasıyla verilen bir beratla 1935 yılından itibaren Luis de Albuquerque Bourbon de Sousa Lara Lizbon’da Fahri Başkonsolos sıfatıyla görev yapmıştır.

1941 yılında Bakanlar Kurulu kararıyla Lizbon’da bir elçilik açılması kararını müteakip, ilk mukim Elçi Şevket Fuad Keçeci 1 Aralık 1941 tarihinde göreve başlamıştır. 1949-1951 yılları arasında Elçiliğimiz mali mülahazalarla kapalı kalmıştır. 1957 yılında ise ülkemizin temsil düzeyi elçilikten büyükelçiliğe çıkarılmış ve Tarık Emin Yenisey Portekiz’e atanan ilk mukim Büyükelçi unvanını almıştır.

Büyükelçiliğimiz hâlen 1974 yılında yapımı tamamlanan, Kançılarya ve ikametgahını birarada bulunduran yerleşke içinde görevini sürdürmektedir.